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Los indicadores de salud y desarrollo de Malí se encuentran entre los peores del mundo. Malí debe hacer frente a numerosos desafíos en el ámbito de la salud relacionados con la pobreza, la desnutrición, la higiene y el saneamiento. En el año 2000, solamente el 63% de la población tenía acceso a agua potable y el 69% a algún tipo de servicio sanitario. Las instalaciones médicas malienses son muy limitadas, la disponibilidad de medicinas es muy escasa y la falta de médicos y enfermeras bien preparados es otro grave problema. La malaria y las enfermedades relacionadas con el agua, como las diarreas, son muy frecuentes en el país. Actualmente Malí cuenta con la tasa de mortalidad Materno-infantil más alta del mundo. La población también sufre de una alta tasa de desnutrición infantil y una baja tasa de inmunización. Sin embargo, según una estimación, sólo el 1,5% de la población adulta e infantil estaba afectada por el VIH/SIDA, una de las tasas más bajas de África.